기업부설연구소나 연구개발전담부서를 운영하고 계신다면, 매년 봄 반드시 챙겨야 할 업무가 하나 있습니다.
바로 [연구개발활동조사]입니다.
“연구소 인정받을 때 서류 다 냈는데, 매년 또 제출해야 하나요?”
“법인세 신고할 때 연구개발비도 정리했는데, 그 자료로 대신하면 안 되나요?”
…^^ 여러모로 어려움이 많으시죠?
꼭 아셔야 할 사실은 연구개발활동조사는 단순한 만족도 설문이나 선택적으로 참여하는 통계조사가 아니라는 점입니다. 기업부설연구소와 연구개발전담부서를 인정받은 기업이 매년 이행해야 하는 법적 의무인 것입니다.
제출하지 않으면 연구소 인정취소로 이어질 수 있기 때문에 결코 가볍게 넘기셔서는 안 됩니다.
✅ 이 글은 2026년 시행 법령과 한국산업기술진흥협회(KOITA)의 연구개발활동조사 안내를 바탕으로 제출대상부터 온라인 작성방법, 연구개발비 입력 요령 등 공식 매뉴얼을 바탕으로 작성했습니다.
📅 제출대상 및 신고기간 짚어보기 🎯
연구개발활동조사는 기업이 전년도에 실제로 수행한 연구개발활동을 조사하는 제도입니다. 올해가 아니라 전년도!
그렇다면 어떤 기업이 제출해야 할까요?
① 연구개발활동조사 제출대상
예를 들어, 2027년에 실시한 연구개발활동조사의 기준은 다음과 같습니다.
- [조사대상 연도] 2026년 1월 1일~12월 31일
- [제출대상] 2026년 12월 31일 기준 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 인정받아 보유한 기업
- [제외대상] 2027년에 신규로 연구소 또는 전담부서를 인정받은 기업
- [작성내용] 기업 일반현황, 연구개발인력, 연구개발비, 연구개발과제 수행현황 등
여기서 중요한 건 ‘현재 연구소가 있느냐’만 따지는 것이 아니라는 사실입니다.
2026년 말에는 기업부설연구소가 있었지만 2027년 들어 연구소를 자진 취소한 기업이라도, 2026년도 연구개발활동조사는 제출대상이 될 수 있습니다.
반대로 2027년에 처음 연구소를 인정받았다면 2026년도 실적을 조사하는 이번 대상에서는 제외됩니다.
[✍️ KZ의 깜짝 팁]
“대표님, 연구소 없앴으니까 올해 조사는 안 해도 되겠죠?”
여기서 의외로 많이 헷갈립니다.
올해 연구소를 없앴다는 사실과 작년에 운영했던 실적을 제출하는 것은 별개의 문제입니다. 작년 12월 31일 당시 연구소를 보유했는지 먼저 확인하세요. 이미 인정취소 통지를 받은 경우에는 별도 제출 안내의 적용 여부도 확인하셔야 합니다.
② 2026년 연구개발활동조사 제출기간
2026년 연구개발활동조사는 다음과 같이 운영되었습니다.
| 구분 | 2026년 일정 |
|---|---|
| 최초 정기 제출기한 | 4월 13일~5월 15일 |
| 이후 운영된 일반 조사기간 | 4월 13일~7월 22일 |
| 미제출 기업 대상 한시 제출기한 | 9월 30일 |
| 한시 제출 안내상 인정취소 예정일 | 10월 16일 |
여기서 주의할 점!
5월 15일은 최초 공문에 명시된 제출기한이고, 7월 22일은 이후 별도 안내에서 확인되는 일반 조사기간의 종료일입니다.
또한 9월 30일까지 운영된 한시 제출은 평소의 온라인 조사표 입력과는 다른 방식으로 진행되었습니다.
2026년 10월 현재 위 제출기한은 모두 종료되었습니다. 아직 제출하지 않은 기업이라면 조사 시스템에 무작정 입력을 시도하기보다 먼저 KOITA에 연구소 인정상태와 후속 조치 가능 여부를 확인해야 합니다.
매년 정확한 조사일정은 달라질 수 있으므로 다음 연도에는 새로 발송되는 공식 공문을 기준으로 확인하셔야 합니다.
💻 실전! 온라인 작성 및 로그인 절차 🔍
이제 실제 작성방법을 살펴보겠습니다.
연구개발활동조사는 KOITA의 전용 온라인 시스템에서 진행합니다.
[연구개발활동조사 공식 시스템(https://research.rnd.or.kr/krc)]
일반적인 연구소 설립신고나 변경신고에 사용하는 시스템과 연결되어 있지만, 조사표를 작성하는 화면은 별도로 운영됩니다.
① 조사 시스템 접속 및 비밀번호 생성
연구개발활동조사 시스템에 접속하면 기업명, 연구소 인정번호, 비밀번호를 입력하는 로그인 화면이 나타납니다.
처음 이용하는 기업은 물론이고, 작년에 조사표를 제출한 기업도 해당 연도의 비밀번호를 새로 생성해야 합니다.
② 담당자 인증 후 로그인
인증이 정상적으로 완료되면 로그인 화면으로 돌아갑니다.
기업명, 연구소 인정번호, 새로 설정한 비밀번호를 입력하고 [로그인] 버튼을 클릭하세요.
올해 이미 비밀번호를 만들었다면 다시 생성할 필요 없이 [비밀번호 찾기]에서 재설정할 수 있습니다.
[✍️ KZ의 깜짝 팁]
여기서 잠깐! 잘 확인해야 되는게
바로 ‘전임 담당자의 휴대전화’입니다.
퇴사한 직원의 번호로 인증 메시지가 날아가면 난감하죠. 이럴 때는 연구소/전담부서 신고관리시스템(www.rnd.or.kr)에 기업 공동인증서로 로그인한 뒤 담당자 정보를 먼저 변경하세요.
③ 조사표 작성 시작
로그인이 완료되면 조사표 작성 화면에서 전년도 연구개발실적을 입력합니다.
조사표는 크게 다음 5개 부분으로 구성됩니다.
- Page 1. 인적사항
- Page 2. 기업 일반현황
- Page 3. 연구개발인력
- Page 4. 연구개발비
- Page 5. 지역별 구분
먼저 기업 정보와 담당자 연락처를 확인하고, 이어서 기업의 재무현황과 연구개발인력·연구개발비를 작성합니다.
특히 한 기업에서 연구소나 전담부서를 여러 개 운영하는 경우에는 Page 1의 [개별/통합입력 선택] 항목을 반드시 확인해야 합니다.
여기에서 ‘기업내 다른 연구소 통합 등록’을 선택한 뒤 해당 연구소를 체크하면 실적을 통합하여 작성할 수 있습니다.
다만 통합작성 시에는 연구개발인력과 연구개발비도 선택한 연구소 전체를 기준으로 작성해야 합니다.
④ 조사표 입력완료 및 출력
다섯 페이지를 모두 작성했다면 마지막으로 입력 내용을 검토합니다.
각 페이지에서 입력한 숫자의 합계가 맞는지 확인하고, 시스템의 입력완료 절차를 마쳐야 합니다.
입력완료 화면을 확인한 후에는 조사표 확인·출력 기능을 이용해 제출된 내용을 보관하세요.
여기서 중요한 점은 ‘입력 도중 저장’과 ‘정상적인 최종 제출’을 혼동하지 않는 것입니다.
시스템의 입력완료 상태를 확인하고, 필요한 경우 신고관리 화면의 이전 조사표 확인 기능에서도 내용을 점검하시는 것이 좋습니다.
[✍️ KZ의 깜짝 팁]
마지막에 입력완료 화면만 보고 창을 닫는 분들이 계십니다.
조사표 출력본까지 PDF로 남겨두세요. 다음 해 담당자가 바뀌면 전년도 연구개발비를 어떻게 작성했는지부터 다시 찾아야 하는 일이 생깁니다.
한 가지 더! 조사기간 중 숫자를 수정했다면 그 페이지뿐 아니라 관련 페이지의 합계도 다시 확인하세요. 인원이나 연구개발비를 하나 고쳤다가 다른 항목과 금액이 맞지 않는 일이 생길 수 있습니다.
✍️ 항목별 작성 시 반드시 주의할 핵심 포인트 💡
조사표 입력에서 가장 많은 시간이 걸리는 부분은 연구개발인력과 연구개발비입니다.
기업 일반현황은 기존 자료를 활용할 수 있지만, 연구인력과 연구개발비는 조사 기준에 맞춰 다시 정리해야 하기 때문입니다.
① 연구개발인력은 실제 연구업무를 기준으로 구분하세요
연구개발인력을 작성할 때 단순히 직원 전체를 입력해서는 안 됩니다.
연구개발활동에 참여한 인력을 업무 성격에 따라 구분해야 합니다.
- [연구원] 새로운 지식이나 기술 개발 등 연구개발활동을 직접 수행하는 인력
- [연구보조원·기술지원 인력] 연구원의 지시에 따라 실험, 검사, 측정 등 연구개발을 보조하는 인력
- [연구관리·지원 인력] 연구행정이나 연구지원 업무를 담당하는 인력
여기서 학력과 업무 구분을 혼동하시면 안 됩니다.
박사과정에 있다는 이유만으로 반드시 연구원인 것도 아니고, 석사과정에 있다는 이유만으로 연구보조원이 되는 것도 아닙니다.
실제 수행업무를 기준으로 직무를 분류하고, 학력은 별도 학력별 항목에서 작성해야 합니다.
또한 연구개발인력은 성별·연령별·학력별 등 여러 항목으로 다시 구분하므로 동일한 기준에 따라 작성해야 합니다.
② 연구개발에 투입한 시간도 확인하세요
연구개발인력 조사에는 단순한 인원수뿐 아니라 연구개발 전담 비율을 반영하는 항목도 있습니다.
대표적인 개념이 상근상당 연구원 수(FTE)입니다.
쉽게 말해 연구개발에 실제 투입한 업무시간을 전일제 연구원 수로 환산한 것입니다.
예를 들어 어떤 직원이 연간 근무시간의 50%를 연구개발에 사용했다면, 연구개발 투입 비율은 0.5로 계산할 수 있습니다.
다만 연구소 인정기준상 연구전담요원 자격과 통계조사의 연구개발인력 산정기준은 구분해서 봐야 합니다.
연구소에 등록된 인원 숫자를 무조건 그대로 복사하지 말고, 해당 조사표가 요구하는 인원 기준과 연구개발 투입 비율을 확인하세요.
③ 연구개발비는 백만원 단위로 입력합니다
연구개발비 작성 시 가장 흔한 실수 중 하나가 금액 단위입니다.
예를 들어 실제 연구개발비로 5,000만원을 지출했다면, 백만원 단위 조사표에는 ’50’으로 입력해야 합니다.
| 실제 연구개발비 | 백만원 단위 입력값 |
|---|---|
| 500만원 | 5 |
| 1,000만원 | 10 |
| 5,000만원 | 50 |
| 1억원 | 100 |
| 3억원 | 300 |
‘5,000만원’을 숫자 그대로 5,000이라고 입력하면 실제 금액과 100배 차이가 납니다.
입력창마다 표시된 단위를 먼저 확인하고 작성하는 습관이 중요합니다.
④ 연구개발비는 용도에 따라 구분하세요
연구개발비는 기업의 연구개발활동에 사용된 비용을 의미합니다.
대표적으로 다음과 같은 항목이 있습니다.
- [인건비] 연구개발에 참여한 인력에게 지급한 인건비
- [기타 경상비] 연구개발에 사용된 재료비, 소모품비, 용역비 등 해당 항목에 포함되는 지출
- [자본적 지출] 연구개발을 위해 취득한 기계·장비, 소프트웨어 등 조사표가 정한 자산 취득 지출
- [외부 연구개발비] 외부 기관에 연구개발을 맡기거나 공동연구를 수행하면서 지출한 비용 중 해당 항목
여기서 중요한 것은 연구개발과 관련된 비용이라고 해서 모든 금액을 한 칸에 합산하면 안 된다는 점입니다.
기계·장비 취득비와 일반적인 운영비는 성격이 다릅니다. 소프트웨어 비용도 지출 형태와 조사표의 분류기준에 따라 구분해야 합니다.
또한 자본적 지출은 해당 조사연도에 취득한 자산의 조사기준에 맞춰 작성해야 하므로, 회계장부상 감가상각비를 그대로 입력하는 방식과 혼동하지 않아야 합니다.
⑤ 연구개발비 재원과 연구개발과제도 빠뜨리지 마세요
연구개발비에는 정부지원금만 있는 것이 아닙니다.
기업이 자체 자금으로 수행한 연구개발활동도 조사대상에 포함됩니다.
정부지원 여부, 자체 재원, 외부 재원 등 조사표가 요구하는 재원별 구분을 확인하세요.
또한 연구개발과제 수행현황을 묻는 항목이 있다면 실제 수행한 과제와 연구개발활동을 기준으로 작성해야 합니다.
과제명이나 연구개발비를 적는 목적은 정부과제를 얼마나 많이 수주했는지 평가하기 위한 것이 아니라 기업의 실제 연구개발활동을 파악하기 위한 것입니다.
[✍️ KZ의 깜짝 팁]
“세무사 사무실에서 받은 연구개발비 자료 그대로 넣으면 되는 거 아니에요?”
그렇게만 생각하시면 숫자가 안 맞을 수 있습니다.
회계장부의 계정과목과 연구개발활동조사의 분류는 완전히 동일하지 않기 때문입니다.
가급적 연구개발 인건비 내역, 연구재료 구입내역, 연구장비 취득내역, 외부 위탁연구 계약 및 지급자료를 따로 정리해 놓으세요.
그리고 [이전년도 보기] 기능은 참고용으로만 활용하셔야 합니다. 작년에 8,000만원 썼다고 올해도 8,000만원을 입력하는 식의 복사·붙여넣기는 금물입니다.
결산이 아직 마무리되지 않았다면 가결산 자료를 활용할 수 있으나, 실제 연구개발 지출과 큰 차이가 없는지 반드시 점검하세요.
⚠️ 미제출 시 마주하게 되는 치명적 불이익 🛑
“이거 국가 통계조사라면서요? 설문조사 하나 안 냈다고 연구소 인정이 취소되나요?”
네. 연구개발활동조사 미제출은 기업부설연구소를 운영하는 기업에 상당히 중요한 문제입니다.
① 기업부설연구소 및 전담부서 인정취소 위험
2026년 2월 1일부터 시행된 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제9조는 기업부설연구소 등의 준수사항을 규정하고 있습니다.
이 가운데 제3호는 매년 연구개발 실적을 제출하도록 정하고 있습니다.
그리고 같은 법 제8조 제1항 제7호는 준수사항 위반을 연구소 인정취소 사유로 규정합니다.
즉, 연구개발활동조사를 제출하지 않는 것은 단순한 서류 누락으로 끝날 문제가 아닙니다.
다만 제출기한이 하루 지났다는 이유만으로 모든 연구소가 그 순간 자동취소되는 방식은 아닙니다. 관련 법률에 따른 인정취소 절차가 적용됩니다.
실제로 KOITA는 2026년 연구개발활동조사 미제출 기업을 대상으로 9월 30일까지 한시 제출기간을 운영하면서, 미제출 시 10월 16일 인정취소 예정이라고 안내했습니다.
이처럼 제출기한을 넘기면 별도의 후속 조치가 진행될 수 있으므로 공문과 인정상태를 반드시 확인하셔야 합니다.
② 연구소 인정에 따른 기업 지원제도에도 영향
기업부설연구소 인정이 취소되면 연구소 보유를 전제로 하는 지원제도의 적용에도 문제가 발생할 수 있습니다.
대표적으로 다음과 같은 분야를 확인해야 합니다.
- 기업부설연구소 인정 여부가 요건인 지원사업
- 연구소 인정과 연계된 세제지원
- 기업부설연구소 보유 여부를 평가하는 사업이나 우대제도
- 연구개발 관련 인력지원 또는 기업지원사업
다만 인정이 취소되었다는 이유만으로 과거에 적용한 모든 연구개발 세액공제 금액이 자동으로 추징되는 것은 아닙니다.
연구개발비 세액공제, 지방세 감면 등은 각각 적용 요건과 판단 시점이 다르므로 개별 세법과 지원사업 규정을 확인해야 합니다.
핵심은 단순합니다.
연구소 인정 자체가 취소되면 향후 지원사업 참여나 인정 요건 충족에 영향을 받을 수 있다는 것입니다.
③ 한시 제출과 정기 조사는 다릅니다
2026년에 운영된 한시 제출은 일반적인 온라인 조사표 입력과 절차가 달랐습니다.
먼저 KOITA 신고관리시스템의 [사후관리 → 활동조사제출(한시)] 화면으로 들어가 일반·건설업·소프트웨어 유형 중 해당 조사표를 내려받아 작성하도록 안내했습니다.
그다음 기업명, 사업자등록번호, 연구소 인정번호를 입력하고, 인정번호 검증과 휴대전화 인증을 진행하는 방식이었습니다.
작성한 조사표는 PDF 파일로 변환해 제출하도록 안내했으며, 당시 한시 제출 화면에서는 업로드할 수 있는 파일의 크기와 확장자에도 제한이 있었습니다.
특히 이 방식으로 제출한 조사표는 일반 연구개발활동조사 시스템의 전년도 자료에 반영되지 않는다고 안내되었습니다.
2026년 한시 제출기간은 이미 종료되었으므로 현재 해당 화면에서 제출이 가능한 것은 아닙니다.
[✍️ KZ의 깜짝 팁]
조사기한을 놓쳤다면 제일 먼저 할 일은 아무 숫자나 넣어서 제출 버튼을 누르는 게 아닙니다.
먼저 연구소 인정상태부터 확인하세요.
그리고 KOITA에서 별도로 보낸 미제출 안내문이나 인정취소 관련 통지가 있는지도 살펴보셔야 합니다.
특히 ‘우편을 못 받았으니 괜찮겠지’ 하고 넘기면 곤란합니다. 담당자 이메일, 연락처, 연구소 신고정보가 예전 상태로 남아 있지는 않은지 함께 점검하세요.
🙋♂️ 자주 묻는 질문 (FAQ)
Q. 정부지원 과제 없이 자체 예산으로만 연구개발을 했는데도 제출해야 하나요?
네. 제출해야 합니다.
연구개발활동조사는 정부지원 과제 수행 기업만을 대상으로 하는 조사가 아닙니다.
기업이 자체 자금으로 수행한 연구개발활동도 조사대상에 포함됩니다.
Q. 연구소가 여러 개라면 조사표도 각각 작성해야 하나요?
정기 온라인 조사에서는 개별작성과 통합작성 중 선택할 수 있습니다.
복수 연구소를 운영하는 기업은 [개별/통합입력 선택]에서 통합할 연구소를 지정할 수 있습니다.
다만 2026년의 별도 한시 제출에서는 각 연구소·전담부서별 조사표 작성이 안내되었으므로 제출방식에 따라 구분해야 합니다.
Q. 온라인 입력 외에 별도로 제출할 서류가 있나요?
정기 연구개발활동조사는 온라인 조사표 작성으로 제출하며, 별도의 첨부서류는 요구하지 않습니다.
연구일지를 조사 시스템에 첨부할 필요도 없습니다.
단, 기한 경과 후 운영되는 한시 제출은 해당 연도에 안내하는 방식이 다를 수 있으므로 별도로 확인해야 합니다.
Q. 회계 결산이 끝나지 않았는데 연구개발비를 어떻게 작성하나요?
KOITA는 가결산 자료를 참고하여 작성하도록 안내하고 있습니다.
다만 연구개발비 항목별 실제 지출금액을 확인하고, 작성이 어려운 경우 담당자에게 문의하셔야 합니다.
Q. 연구개발활동조사를 제출하면 연구소 변경신고도 완료되나요?
아닙니다.
연구개발활동조사와 변경신고는 서로 다른 절차입니다.
연구개발활동조사는 전년도 연구개발 실적을 제출하는 업무입니다.
반면 변경신고는 연구소 명칭, 소재지, 연구 분야 등 신고사항이 변경되었을 때 진행하는 행정절차입니다.
현행 기업부설연구소법 시행령에 따라 변경신고 대상 사항은 변경 사유 발생일부터 30일 이내에 신고해야 합니다.
따라서 매년 연구개발활동조사를 제출했다고 해서 연구소 변경신고 의무까지 해결되는 것은 아닙니다.
✅ 마무리｜연구소 인정만큼 중요한 것이 사후관리입니다
기업부설연구소는 처음 인정받는 것으로 모든 절차가 끝나지 않습니다.
인정받은 이후에도 연구인력과 연구시설을 적정하게 유지하고, 변경사항이 생기면 신고하며, 매년 연구개발활동조사를 제출해야 합니다.
특히 연구개발활동조사는 어려운 기술보고서를 새로 만드는 절차라기보다, 전년도에 실제 수행한 연구개발활동을 정해진 통계 기준에 맞춰 정리하는 과정이라고 이해하시면 됩니다.
마지막으로 세 가지만 기억하세요.
- [제출대상 확인] 전년도 말 기준 연구소 또는 전담부서 보유 여부를 확인하세요.
- [실적 정확히 작성] 연구개발인력과 연구개발비는 조사 기준에 맞게 입력하세요.
- [기한 및 완료상태 확인] 해당 연도 제출기간을 지키고 입력완료 결과를 반드시 확인하세요.
기업부설연구소는 설립보다 유지·관리가 더 중요할 때가 많습니다.
한 해의 연구개발활동을 정리하는 일이 조금 번거로울 수는 있지만, 연구소 인정취소 위험을 예방하고 기업의 연구개발 이력을 체계적으로 관리하는 데 꼭 필요한 업무입니다.
연구소 관리 담당자라면 매년 4월이 시작되기 전에 전년도 연구개발비와 인력현황부터 준비해 보시기 바랍니다.
📚 공식 참고자료
- 한국산업기술진흥협회(KOITA), 「2025년도(조사대상 연도) 연구개발활동조사 제출 안내」, 2026년
- 한국산업기술진흥협회, 「2024 연구개발활동조사 입력 매뉴얼」
- 한국산업기술진흥협회, 연구개발활동조사 입력·확인 시스템 및 FAQ
- 국가법령정보센터, 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」 제8조·제9조
- 국가법령정보센터, 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 시행령」(2026년 2월 1일 시행)
- 연구개발활동조사 통계정보보고서
공식 조사 시스템: https://research.rnd.or.kr/krc/
연구소 신고관리시스템: https://www.rnd.or.kr/
KOITA 연구개발활동조사 문의: 02-3460-9181~3
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